После объявления Казахстана неядерным государством и ратификации Договора о нераспространении ядерного оружия в феврале 1994 года произошло вступление Казахстана в МАГАТЭ. С тех пор на всех мирных ядерных установках страны были сделаны первоначальные заявления о количествах ядерных материалов, проведены их первичные проверки и постановка под Гарантии МАГАТЭ, модернизированы системы учета и контроля ядерных материалов как в государстве, так и на ядерных объектах, разработаны процедуры хранения и использования материалов различного вида и принадлежности.
Важной вехой в становлении гарантий в институте стал вывоз высокообогащенных ядерных материалов, являющихся материалом прямого использования для ядерного оружия, в страну происхождения – Россию.
С 1995 года проводятся регулярные ежеквартальные инспекции по проверкам наличия и передвижения всех ядерных материалов института.
Становление системы учета и контроля ядерных материалов института было осуществлено при финансовой поддержке Министерства Энергетики США. Специалисты из национальных лабораторий США провели оценку, а затем приобретение компьютерного и офисного оборудования, систем спектрометрического контроля и количественных измерений ядерных материалов, проводили неоднократные обучения на различных курсах и семинарах, предоставили в институт компьютерную систему учета ядерных материалов, которая была модифицирована специалистами института и в настоящее время успешно используется не только в ИАЭ, но и на других установках страны.
Большую помощь в постижении подходов к обеспечению гарантий и соответствующего международным требованиям учета оказывают инспекторы МАГАТЭ, как во время инспекций, так и путем проведения обучающих курсов и семинаров, содействия научной работе в виде исследовательских контрактов.